因为水质检测仪表监测的污水中杂质多，环境差，经常容易导致在线水质检测仪表测量产生误差较大，或者损坏率高，极大地影响了污水处理厂在线水质监测的力度和自动化控制水平。
由于污水处理厂进水中污染物浓度较高、悬浮物较多，容易在采样管道和分析仪器的进样管形成污垢，因此需要针对性配置水样预处理单元和选择水质浓度相匹配的分析仪器量程。在选用设备时，一些自带控制系统的大型设备配置的自控系统与厂内主要控制系统选型要一致，否则设备不易与厂内整个自控系统建立通讯，或建立通讯时需要投入较大的成本。另外，在运行过程中应建立一套详细的维护与操作规程，如维护工作一定要提前计划和准备相应的备品配件;定期对水质分析仪器进行标定和校正，清洗管道和预处理单元，以及更换消耗件和易损件;加强在线监测系统的日常管理等。
由于污水处理厂特殊的构筑物设计及大量地处理污水，污水处理厂发生雷击现象普遍比较严重，对室外设备安全运行构成较大的威胁。对现场设备和仪表的二、三级防雷，防止出现被雷击而使现场设备和水质分析仪表的损坏。如果为了控制工程造价而缺少这些设施，那么在今后的运行管理工作中将付出更大的代价。
