新冠肺炎疫情发生以来，长江流域内湖北等重要省，武汉等沿江重要城市疫情防控形势严峻。为坚决打赢新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控阻击战，进一步做好疫情防控期间水利重点领域保障工作，长江委节约保护局按照水利部关于加强疫情防控期间水利保障工作的紧急通知精神，贯彻落实长江委党组“一手抓防疫，一手抓生产”工作部署，积极组织长江委水文局、南水北调中线水源公司等单位及时开展丹江口水库等重要水体和长江中下游水质监测仪监测工作，要求各水文站做好水体异常现象和突发水污染事件观测工作。
防疫期间，为加强流域突发水污染事件管理，节约保护局组织水文局、中线水源公司在保证防疫安全的前提下，组织做好流域长江干流沿线及陶岔渠首等重要水体观测，通过建立微信群的方式，于每日17时前报告流域突发水污染事件状况和南水北调中线取水口水质情况，经汇总分析后报水利部。截至2月23日，长江流域未发现水体异常现象，也未发现重大水污染事件，南水北调中线水源水质良好(陶岔渠首高锰酸盐指数、氨氮、总磷等均为I类，总氮保持稳定)。
疫情当前，为保证掌握长江中下游沿线饮用水水源水质状况、南水北调中线水源水质状况，以及长江武汉江段带菌废水及消毒液等污染水体的潜在风险，水文局、中线水源公司克服疫情防控期间感染风险较大、出行不便等困难，在做好自身防护的基础上，开展武汉、南京、九江等城市江段、丹江口水库水源地等全国重要饮用水水源地等重要水体水质监测工作，以及武汉江段余氯监测，监测成果经分析整理后已报送水利部和长江干流沿线城市水利局。